然而组成一个国家后，民族矛盾凸显，主要是马来人和华人之间的矛盾。

因为两个族群人口数量相差不大，马来人并不占优势，而国家政权是马来人掌握，而且秉承“马来人至上”等政策，但对于人口比例那么大的华人群体一直不放心。

马来觉得，新加坡根本不能算是他们的地区，因为该地区华人占了80%，一开始说的大多数是汉语，马来害怕时间长了被华人同化，从而失去了马来人就失去了主导地位。并且，该地区虽然加入了马来，但是自治权利太大了，政府每年予以高额的补助，但是却无任何的回报。而且，再并入马来的两年内，马来认为自己没有能力控制。

索性一不做二不休，在1965年，马来人直接把华人人口密集的新加坡踢出马来西亚联邦，这样马来人比例一下子就上去了，解决了马来人和后顾之忧。

而新加坡则是被迫在1965年成为独立国家的，其实自己并不想脱离马来西亚联邦的。

这个决议，对踌躇满志的李光耀不啻是一个晴天霹雳，他在电视台的镜头前无奈地宣布独立的那刻放声大哭！与之形成鲜明对比的是，街道上的马来人已经憋得难受，开始放鞭炮庆祝同新加坡的脱离，股市翻番。更不可思议的是，李光耀没有放弃努力，居然还争取议会支持投票，要求马来西亚联邦收回决议！

弹丸之地，兵力虚空，进攻无力，防御不足，国力如此薄弱，随时有倾覆之可能。李光耀的心理伤痛，最大的可能是为安全忧虑。