吴登盛政府执政后，国家的决策方式产生了根本性变化。2008年宪法作为基础性的原则框架，界定了政府各个机构的职权，但也存在模棱两可的地方让决策机构有可操作空间。政府决策不再是“一言堂”，总统的权力受多种力量制衡，不再等同于过去的最高决策者。总统对议会法案没有完全的否决权，有一些法案不经总统签字授权也可通过。这一时期的政府决策权以前分散，一共有四个机构参与核心决策：内阁、国防与安全委员会、总统府部长（“超级内阁部长”）和总统府。下文将详细讲述这四个机构的权责。

登盛政府时期的内阁结构基本与和发委政府类似，但实际上总统很少在内阁会议上讨论重要的政策决定。总统只与“超级内阁”或事件直接相关的部长“一对一”讨论，形成了一种“专项专人”的决策风格。由于内阁部长变动很大，为了维持行政系统正常运转，登盛总统把英国殖民时期的行政传统——“常务秘书”一职重新引入政府部门。登盛时期，34个部委中只有8个没有部长级别的人事变动。公务员体系也在不断膨胀，部长和副部长人数在2016年增至92位，为缅甸史上最多；公务员人数从2011年的946,699人增加至2016年的1,037,941人。

政府决策的核心部门“超级内阁部长”是巩发党政府的一大体制创新。最初总统府任命了两位部长来监管总统府和内比都辖区委员会，到2012年8月，吴登盛在总统府又设立了四个部长级别职位，分管和平进程、经济改革、公共部门改革和权力下放四大领域的工作。“超级内阁部长”包括6位高级别部长，其中有主管安全问题与和平进程的第4号总统府部长吴昂敏，主管经济改革和私营部门改革的第3号总统府部长吴梭登，第5号主管公共事务改革的吴丁奈登，主管权力下放的第6号总统府部长吴拉吞。此外，法务部（Offices of the Attorney General）、公务员理事会、审计处这三个行政部门的书记也被作为中央办公厅成员，职权与内阁部长类似，但只有法务部书记被认为是内阁成员。