菲律宾位于北纬四度三十五分与北纬二十一度零八分之间，东经一百一十六度五十五分与一百二十六度三十七分之间。菲律宾从北到南长达1000公里，北邻台湾和中国大陆、日本、朝鲜半岛；西接泰、越、柬、老、缅、印；东临太平洋；南部和西南与印尼、马来西亚隔海相望；是亚洲、大洋洲两大陆和太平洋之间以及东亚和南亚之间的桥梁。

菲律宾由7100多个岛屿组成，其中2773个已有名称，其余的尚未起名，被称为“千岛之国”。菲律宾群岛中有十一个大岛占全国总面积94%。按照地形和岛屿排列情况通常将群岛分为吕宋岛（菲第一大岛，面积为40814平方公里）、维萨亚群岛、棉兰佬岛（第二大岛，面积为36906平方公里）、巴拉望群岛和苏禄群岛。

菲律宾地貌复杂多样，有山脉、平原、高原、峡谷、湖泊、大河、火山、草原、森林等诸多形态。菲境内山地面积占总面积的三分之二，海陆对比很明显，西侧中国南海，深达到目5000公尺以上；东侧太平洋，深达6000公尺以上。

菲律宾群岛上横亘七座山脉，最有名的是Sierra Madre山，它从北到南贯穿吕宋岛东部。菲最高的山是Mount Apo，该山是菲律宾的至高点，位于棉兰佬岛。菲律宾境内地势最低洼的地方是位于棉兰佬岛东海岸的“菲律宾海沟”。该处深达10540公尺，为世界最深的海沟。菲最有名的平原是吕宋平原，有“菲律宾粮仓”之美称。菲海拔最高的地区是位于北吕宋的Benguet高原，其上坐落着菲著名消暑胜地城市Baguio，在棉兰佬岛也有七处高原，海拔高度不等。

菲律宾海岸线蜿蜒曲折，总长18533公里，颇多天然良港。菲海岸有61个自然港，马尼拉湾是世界上最好的港湾之一，水域达770平方公里。菲律宾群岛遍布河流，最长的河流是Cagayan河，流经亚洲最著名的烟草生产地区Cagayan峡谷。Laguna de Bay 是菲最大的淡水湖，位于吕宋岛Laguna 省和Rizal省的环绕之中。

菲律宾属热带海洋性气候，全年阳光充足，一年分干季、湿季两季。湿季为五月至十月，高温多雨；干季为十一月至次年四月，炎热干燥。菲律宾国土南北狭长，东西有山脉分隔，因此南部与北部，东海岸与西海岸之间的气候均有差别。全年平均气温为26.6℃上下。

菲律宾以东有台风发源地，每年七月到九月台风路线多经吕宋岛。十月到十二月台风路线南移，有时也在棉兰佬岛北部登陆。

菲律宾位于太平洋边缘的火山地震带之上，因此境内发生地震；全境有火山五十多座，其中活火山十一座。最有名的活火山是吕宋岛的“马荣火山”，该山在1616-1968年间喷发30余次。