圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山（又名西山，满刺加国王拜里迷苏拉曾将明成祖赠送的金龙文笺在山上勒石树碑，后改名为圣保罗山），建于1521年，为葡萄牙人所建。著名传教士圣方济各埋葬于此，教堂前竖有圣芳济各神父塑像。1670年荷兰人占领马六甲后，将教堂用作城堡，今天在外墙上仍可见到不少子弹孔。1753年，荷兰人另建了一座教堂，而圣保罗教堂则做为荷兰贵族的墓地，现在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。在教堂内有一墓穴，是1553年圣芳济各的临时墓地。

圣保罗教堂里有一座圣法朗西斯的坟墓，他生前经常到访这间小教堂。1553年时，他被埋葬于此，后来，他的遗体才被移往印度的GOA （印度果阿）。这里竖立了一座圣法朗西斯的大理石雕像，为纪念他400多年前曾经到此居留，并作出他的贡献。站在山丘的教堂上，可以俯瞰整座城市。在此还可以观赏到许多很有特色的荷兰墓碑。这里每晚都举行声光晚会，20：30为马来语，22：00为英语。在斋月期间，每晚只有英语一场，于20：30举行。